所見と修正

IEがHTML5の縦書き対応して、一太郎のルビ出力が正しくされれば、解決されると思われる。
IE用の縦書きのCSS（DAISY教科書つくりのさいに使っているもの）を入れる。
HTMLファイルに、div class="tate"　を追加する。
ルビのタグが変。
下のような、タグがついている。そのため、IEでの表示が変になっている。spanの後にrubyタグをいれて、</ruby>を最後に入れたら、正しく表示された。
<ruby class="ruby352B6807-D3FB-4C5E-BD3B-6EEBCDC822F9"><span class="sentence" id="dol_1_1_usme_0080">憧<rt class="rtAC93796F-3C3D-48D8-9166-FC61B49EA3B8">あこが</rt>